El fuerte de San Cristóbal fue uno de los principales centros de la represión franquista en la ciudad de Pamplona. Ubicado sobre la ciudad, en el monte Ezcaba, fue construido entre 1872 y 1919 y entre 1934 y 1945 fue utilizado como penal militar por los franquistas. El impresionante recinto fue clausurado después de las elecciones de febrero de 1936 cuando se decretó la amnistía general pero en el mes de junio fue reabierto por los mismos republicanos. Los militares sublevados la utilizaron a partir del verano de 1936 como prisión militar. Pocos meses después de iniciada la guerra civil acogía ya a 2.000 presos, la mayoría de ellos navarros y también ciudadanos de La Rioja. Entre 1934 y 1945, fecha del cierre del penal, consta la muerte de 305 presos por motivos diferentes. También se sospecha de ejecuciones al principio de la guerra y de un número aproximado de 200 desaparecidos durante el conflicto, que no constan en los archivos y que en su mayoría fueron asesinados

La fuga de San Cristóbal
El episodio más trágico que vivió el fuerte fue la masiva fuga de presos el 22 de mayo de 1938. En aquel momento había 2.487 personas recluidas, en su mayoría dirigentes políticos y sindicales, y militantes revolucionarios y republicanos. Todos ellos eran tratados de forma inhumana con numerosas palizas, hambre extrema y masiva presencia de piojos. La fuga fue preparada por una treintena de presos que en una rápida operación lograron tomar el poder en el fuerte. Un soldado y un preso falangista corrieron ladera abajo para advertir de la fuga. Aún así se escaparaon un total de 795 presos. Iban mal vestidos y mal calzados, desnutridos, con escasos fusiles y sin un plan de fuga. 595 presos fueron capturados, 207 fueron asesinados y sólo tres pudieron escapar y llegar hasta Francia.

Las organizaciones sobre memoria histórica Txinparta y la Asociación de Familiares de Fusilados, Asesinados y Desaparecidos en Navarra en 1936 organizan en los últimos años actos de conmemoración de la fuga donde participan familiares de los presos y donde asisten cientos de personas. Las entidades reclaman, entre otras, la posibilidad de poder visitar con normalidad el fuerte.

Edificio protegido
En 2001 el edificio propiedad del Ministerio de Defensa fue declarado Bien de Interés Cultural. Ahora bien, no tiene uso militar, está cerrado al público en estado de abandono. El partido político Nafarroa Bai propuso el abril 2011 convertir el fuerte en una museo de la memoria histórica.

Desde septiembre de 2007, la Sociedad de Estudios Aranzadi, la Sociedad Cultural Txinparta y la asociación de Familiares de Fusilados de Navarra han iniciado un proceso de exhumación de los cadáveres en una zona cercana al fuerte. Los restos humanos hallados tenían a la altura de las rodillas una botella con los datos personales de la persona fallecida en su interior, por lo que el lugar se ha llamado el cementerio de las botellas.