El Alcázar de Toledo es uno de los más destacados espacios históricos vinculados a la guerra civil española. Convertido en una epopeya por el régimen franquista, el imponente edificio fue escenario de un largo asedio protagonizado por las tropas republicanas y una defensa sin rendición de los sublevados, encabezados por el coronel José Moscardó. La fortaleza fue prácticamente destruida a raíz del ataque sistemático por tierra y aire, razón por la cual una vez acabada la guerra se inició su reconstrucción. Durante años fue la sede del Museo del Asedio y actualmente, tras una larga tarea de rehabilitación realizada la pasada década, es la sede del Museo del Ejército del Ministerio de Defensa.

En el año 1936, el Alcázar, un edificio del siglo XVI, era la sede de la Academia de Infantería y concentraba secciones de caballería e intendencia. Moscardó era el director de la Escuela Central de Educación Física ubicada, también, en la ciudad manchega. Una vez conocida la sublevación, se puso el frente de la misma en Toledo. Llamó a todos los guardias civiles de la provincia y con ellos y los escasos soldados residentes en la fortaleza se preparó para defender la ciudad. El día 20 de julio eran 1.290 personas sublevadas en el Alcázar, entre ellas más de 500 mujeres, la mayoría casadas con los guardias civiles.

A partir del día 19 de julio, el gobierno republicano ordena a Moscardó que se entregue pero este desobedece la orden. El nuevo ministro de Gobernación, Sebastián Pozas, insiste el día siguiente pero el coronel rebelde rechaza la orden. El día 21 se proclama el estado de guerra en el patio del Alcázar, se ocupan algunos edificios y el gobernador civil de la ciudad es detenido. Los sublevados dominan la gran fortaleza, algunos edificios a su alrededor y algunos edificios públicos de la ciudad. Los defensores disponen de agua, de mucha carne de caballo y de numerosas piezas de artillería, armamento ligero y munición trasladado de la fábrica de armas en el Alcázar.

Las tropas republicanas enviadas desde Madrid inician el ataque sobre las posiciones dominadas por los sublevados entre los días 21 y 22 de julio, según las fuentes consultadas. Durante los siguientes días y semanas los republicanos golpean en fuerza del Alcázar, principal foco de resistencia. A pesar de las negociaciones para conseguir la rendición, Moscardó siempre se niega. El 18 de septiembre, y ante la presencia de la prensa nacional y extranjera, los republicanos detonan dos minas excavadas en la parte suroeste de la construcción, que destruye completamente la torre ubicada en esta ala del edificio. 10 minutos después se inician cuatro ataques contra el edificio que no consiguen conquistar. A pesar del fracaso de la operación, los republicanos mantienen los ataques y se acercan cada vez más a un Alcázar en ruinas. El 23 de septiembre la resistencia se feroz ante la proximidad de los atacantes pero Franco ya había ordenado el desvío de parte de su poderoso Ejército Africano, mando por Juan Yagüe, al rescate de los defensores retrasando así la ofensiva sobre Madrid. El día 27 las tropas del general Varela, que Franco había colocado en sustitución de un descontento Yagüe, contactaron con los defensores, finalizando así el asedio.

El 19 de julio de 2010, ocho años de trabajos de rehabilitación, se inauguró el nuevo Museo del Ejército del Ministerio de Defensa en el recinto del Alcázar, un espacio expositivo que sustituía el antiguo Museo del Asedio del Alcázar, instaurado en época franquista, periodo durante el cual se reconstruyó la fortaleza. En este museo destacaba una extensa exposición con material bélico conservado del asedio y el despacho de Moscardó. El mantenimiento de estos elementos ha sido objeto de numerosa polémica los últimos años entre partidarios y detractores de conservar estos espacios expositivos.

En el momento de la inauguración, finalmente, el Ministerio de Defensa mantuvo el despacho de Moscardó, donde destaca la transcripción de la conversación que mantuvo con su hijo durante el asedio. Anteriormente la conversación podía ser leída y también escuchada, elemento que ha sido eliminado. En cambio, la integridad de la exposición dedicada a la batalla y el asedio de la fortaleza sí que fue eliminada. La exposición contenía multitud de elementos que recordaban la resistencia de las tropas y los civiles, una motocicleta con la que los asediados fabricaban el pan, armas, granadas manufacturadas, y una buena cantidad de elementos que rememoraban la lucha de los hombres de Moscardó contra los 8.000 milicianos que trataban de conquistar el histórico edificio.

Sin embargo, el actual Museo del Ejército recoge diversos elementos vinculados a la Guerra Civil y la Segunda Guerra Mundial, entre ellos un busto y uniformes de Franco, banderas republicanas; fondos de la Guerra Civil, la historia de la División Azul y, en el capítulo de emblemas, algunos del nazismo y del comunismo.

El nuevo museo se distribuye en siete salas históricas, trece temáticas y una para exposiciones temporales. En total son de 8.000 metros cuadrados y otros 2.100 dedicados a restos arqueológicos. En total, el museo se exponen más de 6.500 piezas, como armaduras, armas antiguas, uniformes, piezas de artillería, miniaturas, banderas, condecoraciones y obras de arte. Defensa recalcó que las colecciones que alberga lo convierten, junto a los de París y Londres, en uno de los tres museos de historia militares más importantes del mundo. La misión del espacio no es sólo exhibir sus colecciones, sino también conservar, restaurar e investigar. Por ello, una parte esencial del Museo del Ejército se encuentra en los cuatro talleres de restauración y en los diez almacenes de nuevo edificio, donde se atesoran las casi 30.000 piezas de la colección que no están en exposición.

El Alcázar de Toledo conserva las criptas donde se encuentran los restos de los que perdieron la vida durante la batalla. Las criptas no están abiertas al público pero los familiares las pueden visitar.